在明代，考亭，作為朱子學發祥地，受到明代學者的矚目。不少 學者不遠千里慕名前來祭拜朱熹。考亭書院有所發展。除此，明代重修的書院主要有：

橫渠書院，在永忠里麻沙。橫渠書院原為宋理學張載移居本邑后裔所建，在當時來說，可與考亭書院比美，共五十楹，中為大廳，左為集義齋，右為敬本室，大門外矗立兩座大牌坊，一 曰“扶植綱常”，一曰“纘述道統”足稱大觀。可惜這一宏偉建筑元末毀于兵火。明洪武丁卯(1387)知縣郭柏泰重建，“悉如舊制，屋宇華麗，觀者欽仰”(丁顯《重修橫渠書院記》)。

廌山書院，在禾平里長坪，洪武乙卯(1375)知縣陳敏重建，明提學宋衡為之作記。

廬峰書院，在崇泰里后山，始建于宋，歲久傾圮，明正統戊辰(1448)重建。明成化年間增建大門，又于坊門外立二坊，明嘉靖年間又復建一次。明成祖永樂十四年(1416)，特大洪水，堂宇推蕩無存，書院金匾為裔孫蔡佐所保存。明英宗正統十三年(1448)，奉禮部令諭，重建廬峰書院。明憲宗成化十一年(1475)，巡案御史尹仁捐俸銀一百兩，增建頭門、中廳、大殿左右兩廡共五棟，外建廬峰書院磚坊。

環峰書院，宋建于縣坊西清巷，元未毀于兵燹。正德年間知縣邵豳改建于三桂里妙高峰下 ，正統、成化年間和萬歷年間均有重修，明給事中毛憲(字式之，別號古庵)為之作記。

潭溪書院，在崇泰里莒口，原為黃勉齋先生祠，明嘉靖八年知縣薛宗鎧改建為書院。

鰲峰書院，在崇泰里樟布，明成化年間副使何喬新重修，明萬歷丁酉(1597)都御史金學曾又重修。明許天賜為之記。

溪山書院，在崇泰里后山，明洪武丁卯(1387)知縣郭伯泰重修。

同文書院，在崇化里書坊，朱熹建于宋乾道年間，久圮。明洪武二十七年(1394)禮部侍郎邑人張元略重建。

云莊書院，在馬伏。明成祖永樂十四年(1416)，麻陽溪特大洪水，書院盡沒，僅存祠堂。英宗正統年間(1436-1449)奉禮部令，官府出錢修理書院。此后云莊書院多次遭水患、兵燹之害，屢建屢圯。明神宗萬歷八年(1580)奉令裁撤。過五年，御史楊四知奉請恢復書院，獲準。