嘉熙三年（公元1239年），宋慈因為浙西賑災有功，被任命為廣東提刑。

上任之初，宋慈就面臨一個十分棘手的問題——積案如山。原來，廣東官吏多不遵守法令，有的嫌犯被拘押幾年都未審理。如何整肅廣東吏治，是一大難題。

宋慈認真查閱了原始案卷，發現許多命案是因勘查檢驗不清導致證據不足而擱置的。他立即將需要重新檢驗和重審的案子發回各州縣，并下達了辦案規程，責令辦案人員限期清理滯獄案件。

為讓辦案人員樹立時效意識，宋慈反復強調：尸體檢驗有很強的時間性，稍有遲滯，就會造成尸變。而尸體是獲取證據最直接的物體，隨著尸體的腐爛，很多證據可能會消失，以致于不能查明具體死因，造成疑獄。

在當時，根據口供定罪是通行的做法。而宋慈處理案件卻奉行“據狀斷之”，即依據證據斷案。宋慈認為，只要證據確鑿，即使沒有嫌犯口供也可以結案；如只有嫌犯口供，沒有確鑿證據，也不能定罪。

在辦案過程中，宋慈除了提倡“重證據，輕口供”外，還主張“罪疑從無”。如果適用刑罰有疑問，就不予追究。而當時的通行原則是“罪疑從輕”或“罪疑從贖”，即罪行輕重有可疑之處，可從輕判處，或以贖金的方式判處。宋慈的理由是：“疑罪從輕”的前提是推定嫌犯有罪，只是可以從輕判處。這樣做會帶來兩個問題。一是對于不能查證屬實的疑罪，仍然給予定罪，只是在量刑上作從寬的處理；二是對疑罪處以贖刑的做法，對于無錢可贖的老百姓來說是毫無意義的。由于“疑罪從輕”、“疑罪從贖”所奉行的仍然是“疑罪從有”的潛規則，以至于冤獄不斷，并造成大量的積案。

對于宋慈的做法，不少官員提出了質疑。他的屬下就好意提醒他，說：“前朝仁宗即位不久，接到奏獄（指情理可疑的死刑案件），不知怎樣裁決。當時宰相呂夷簡建議說：‘凡是奏獄一定存在情理可疑的地方，既然有疑問，從輕處罰就可以了。'仁宗認為很有道理，便接受了呂夷簡的建議。所以，我們縱觀仁宗在朝的時候，疑獄是一律從輕處罰的。”言下之意是，即便是宋仁宗這樣宅心仁厚的皇帝對疑獄的處理也只是“疑罪從輕”，你宋慈又怎敢自作主張，搞什么“疑罪從無”呢？

宋慈說：“所謂‘疑罪從輕'，不過是小仁。真正的大仁，是先圣所說的‘疑罪從無，仁也'。當今圣上英明，弘揚理學，尊崇孔孟之道，所要實施的不正是這樣的大仁嗎？”

由于宋慈堅持“疑罪從無”的判案原則，所以他“閱八月，決辟二百余”，即在八個月的時間里就處理了200多件死刑案件，昭雪了一批冤假錯案。

一時間，宋慈名聲大振。 (梁杰)