閩臺書院的發展，從地域來說，經歷了從閩北向省會福州轉移的過程；從文化形態來看，表現為早期的山林文化（地點、私學）向都市文化（地點、官學）的轉移。清統一臺灣后，古老的書院又跨越了海峽。從思想史發展的角度而言，書院與理學關系密切，故閩臺書院文化的轉移與跨越，同時也是理學重心的轉移與跨越。在此進程中，有三所書院最具代表性，分別是朱熹的考亭滄洲精舍，山林文化的代表；清代福州的鰲峰書院，都市文化的代表；臺灣的海東書院，則是福建書院文化跨越海峽的主要代表。

朱熹對重振中國書院文化產生了巨大的作用。與朱熹生平有關的書院多達60多所。其中最重要的，有他修復的白鹿洞和岳麓書院；有他創建的建陽寒泉、云谷晦庵、考亭滄洲和武夷精舍，成為朱子學產生和傳播的大本營。

考亭滄洲是朱熹晚年創建的最后一所書院。當時，南方各省的一大批門人弟子聚集于此，積極開展各種學術文化活動，使當時的考亭書院成為繼承孔孟原始儒學，開創新儒學的大舞臺，在中國思想史、教育史上樹立起一座巍峨的豐碑。

清代閩臺書院最顯著的特點，是早期學者所推崇的“擇勝地，立精舍” 的戀山情結基本終結，書院文化的重心開始向都市轉移。全省四大書院鰲峰、鳳池、正誼和致用書院均集中在福州，就是明證。鰲峰書院創建者張伯行是清初著名的理學家和教育家。書院以復興朱子學為宗旨，仿效考亭書院崇先賢之例建五子祠，奉祀理學先賢周（敦頤）、張（載）、二程和朱熹，以明學統；以《四書集注》等為教材；編《學規類編》將朱熹《白鹿洞書院揭示》列在首卷。

鰲峰書院的崛起及其在全省最高學府地位的確立，既是福建書院文化的重心向都市轉移得以確立的標志，也是歷代閩學重鎮均在閩北，至清初終于向省會福州轉移的標志。

始創于康熙五十九年（1720）海東書院，是臺灣史上最著名的書院。乾隆年間，已有“全臺文教領袖” 之譽。當時，臺灣是福建的一個府，就有一個選拔優秀學員到全省最高學府——福州鰲峰書院深造的問題。由于海峽阻隔，“諸生一仰止‘鰲峰’，且不免望洋而嘆也”。（楊二酉《海東書院記》）故海東之設，是為臺灣學子免除蹈海奔波之勞。乾隆五年，海東由全臺的府級書院而躍升為與鰲峰“并峙”的省級“直轄”書院，也是全省第二所省級書院。

要真正取得與鰲峰“并峙”的地位，其首要前提，無疑是要在教學質量上，使臺灣學子不必跨海赴學也能取得相同的學習效果。正因如此，鰲峰書院的辦學模式和書院教育制度就成了海東書院的刻意參照和模仿的對象。

以海東書院為代表的臺灣書院的發展史，實際上就是以傳播朱子學的書院由海峽西岸向海峽東岸跨越的歷史，是閩臺書院從山林文化向都市文化的轉移得以確立之后，在臺灣的一種延續和發展。這種跨越表現為，跨海而來的福建官員和學者共同努力，成為臺灣書院成功辦學的關鍵；內地書院的成功經驗和辦學模式在臺灣書院建設中起到了主導作用；在以朱子學治臺的政策導向中，朱子學始終是臺灣書院教育的一面旗幟。

愛國主義教育是歷代教育家極其重視的教學內容。這種現象，也充分體現在閩臺書院的教學實踐中，并由此形成了閩臺書院講學的愛國主義傳統。

朱熹的愛國思想，既體現在他《戊午上高宗封事》等一系列奏札之內，也體現在各地書院的講學之中。他在考亭書院講學時說：“論學便要明理，論治便須識體。這‘體’字，只事‘理’合當做處。……如國家遭汴都之禍，國于東南，所謂大體者，正在于復中原，雪仇恥。”

鰲峰書院在辦學的過程中，著力于傳承朱熹忠君愛國的傳統，弘揚朱子理學“明體達用”“踐履力行”的學術精神。許多在近代史上知名的福建人士，如蔡世遠、藍鼎元、林則徐等，均與書院有密切的關系。特別是林則徐，作為中國近代史上杰出的民族英雄，是近代中華民族反對西方殖民侵略斗爭的偉大旗幟。

臺灣道劉良璧制定《海東書院學規》五條，首條就是“明大義”。強調的是“圣賢立教，不外綱常，而君臣大義，為達道之首。”所謂“君臣大義”，就是忠君愛國的民族大義。這就將大陸書院講學的愛國主義傳統通過臺灣書院的傳承延續到臺灣學子的心中。

丘逢甲先后在臺中衡文書院、臺南羅山書院、嘉義祟文等書院任教。在講學中，他要求學生關心國家大事，激發他們的愛國感情和民族意識。《馬關條約》簽訂后，他奔走呼號，血書“抗倭守土”四大字，并率領書院諸生和士紳集會抗議。

祭祀、講學與藏書刻書被稱為書院的三大基本功能，也是閩臺書院的傳統，同時也是朱子學在臺灣傳播的重要方式。書院祭祀活動與朱熹創建書院的宗旨和教育目的緊密相關，其目的是希望學者能“以圣賢為己任”。朱熹的《白鹿洞書院揭示》提出了教學的目的、方法，而書院之祭祀先圣先賢，則是激勵諸生以他們為榜樣，完成自我人格的提升，達到成圣成賢的目的。

與內地書院一樣，臺灣的大部分書院也以祭祀朱熹為主。康熙間名宦陳瑸在臺灣府儒學首建朱子祠，他希望海外學子認真學習朱熹的思想，“切己精察，實力躬行”。（連橫《臺灣通史》卷33）

朱子學對臺灣書院教育的關系，也可從臺灣書院的建筑物名稱、學規和使用教材可略見一斑。明鄭時期，陳永華興學，已有“明倫堂”之設；清代此名仍沿續使用。所謂明倫，即朱熹“明五倫”的教育目的論，又稱“五教之目”(父子有親，君臣有義，夫婦有別，長幼有序，朋友有信)，此為朱熹《白鹿洞書院學規》的精神內核。在臺灣的許多書院中，都有明倫堂的建筑，表明臺灣書院的教育宗旨，就是以朱熹的教育目的論為藍本。文石書院的學約，第一條就是“重人倫”，其出處即朱子的“五教之目”。此外，宜蘭縣的仰山書院，得名于名儒楊時號龜山。正心書院，得名于朱熹的“格物致知，誠意正心，修身齊家，治國平天下”的理學精神和人生奮斗目標。道東書院和海東書院之得名，則是對福建名儒游酢、楊時“吾道南矣”典故的一種延伸，表達的是希望臺灣成為“海濱鄒魯”的一種良好意愿。

總之，在以閩學治臺的政策導向中，臺灣書院起到了振興綱紀，教化民眾，改善社會風氣，培育社會人才，促進臺灣經濟文化和教育事業發展的重要作用；也從書院教育這一獨特的角度，起到了維系兩岸同根同源和血脈相連骨肉親情的巨大作用。（方彥壽）