正德六年（1511），侍御史賀志同巡按福建來到考亭書院，感覺燕居祠格局太小，發下文告，要求擴建。林俊的《晦庵朱先生燕居記》有記錄此事：

正德辛未，侍御賀君志同之按治吾閩也，道建陽，謁吾晦翁文公朱先生考亭之居，明倫堂之左，吾夫子燕居之祠在焉，先生每晨起拜先圣意者。是祠也，侍御君病其隘，檄所司拓而大之，堂之右亦構一祠為先生燕居之所……

正德十一年（1516），侍御史胡文靖建起“景星慶云”和“泰山喬岳”坊，雙雙相對安置于考亭書院前。

正德十三年（1518），侍御史程昌、王應鵬感覺燕居堂不相稱，在堂的右側增建一祠祭祀朱子。

嘉靖六年(1527)御史簡霄在明倫堂后增建慶云樓。

嘉靖十年（1531），御史蔣詔建“恩榮”石牌坊，牌坊立于考亭書院門外的“景星慶云”和“泰山喬岳”牌坊之間。

萬歷十四年(1586)御史楊四知按閩，見考亭書院年久失修，奉請恢復書院，獲準，楊四知修葺祠堂重新飾像，書院煥然一新。

萬歷二十三年（1595），提學徐即登到考亭，看到朱子配祀的黃榦、蔡元定、劉爚、真德秀四人，認為蔡元定對于朱子之學的貢獻，位在黃榦之上，將配祀的四人重列順序——蔡、黃、劉、真。

萬歷二十六年（1598），都御史金學增重修考亭書院，匾其大門為“儒學大成”。

明代這些御史官們尊崇朱子，推崇閩學，他們來到考亭，讓書院興而不廢，不斷重修。從他們所題的“泰山喬岳”“儒學大成”的匾額可以一窺他們對朱子的景仰之情。