清順治九年（1652），建陽的農民起事，陳德容率眾攻打建陽城，十一年（1654），考亭書院毀于兵火，“泰山喬岳”“景星慶云”二坊先后傾圮。康熙三十一年（1692），建寧府同知代理建陽縣事的劉邦彥重建考亭書院。此次重建花了六年時間。三年后，康熙三十九年（1700），劉邦彥的后任知縣柳正芳來建陽又進行擴建。當時，建陽考諭藍陳略親歷了劉邦彥與柳正芳重建考亭書院之事，藍陳略入京后，特別請戶部左侍郎王紳作記文記錄此事。

康熙四十四年（1705），康熙帝頒賜考亭書院“大儒世澤”匾額和“誠意正心闡鄒魯之實學，主敬窮理紹濂洛之心傳”對聯。康熙五十一年（1712）詔升朱子配祀孔廟，位列十哲之次。此外，康熙皇帝還先后諭敕“知光地者莫若朕，知朕者亦莫若光地矣”的寵臣李光地編纂《朱子大全》《性理精義》等理學巨著頒行全國，尊崇朱子理學較前朝有過之而無不及，考亭書院進入鼎盛時期。乾隆初年，朱子考亭十七世裔孫朱殿玉將朱氏不肖子孫賣掉的《韋齋集》和《朱文公文集》書板贖回置于考亭書院中。嘉慶二十四年（1819），觀察使葉健庵按巡到建陽，目睹考亭書院“傾剝狀”“愀然傷之”，于是囑“縣令估工詳請興修”，得閩浙總督董教增批準重修，集成殿外兩廡改建為滄洲精舍和竹林精舍，又建報德祠、道源堂、碑亭等。道光丙午年(1846)，朱子考亭二十一世裔孫朱人驥與族叔楓元和族弟繩祖整修考亭書院。道光二十八年（1848），福建學政彭蘊章囑咐建陽的學官重建考亭書院，冬，書院重建完成，彭蘊章到建陽參加落成典禮并到黃坑拜謁朱子墓，立朱子墓道碑。如今此碑立于碑亭內，碑高3.3米，中間刻書“宋徽國公文公朱子墓道”，上款為“道光戊申孟冬”，下款為“資政大夫升學使者彭蘊章敬題”。咸豐七年（1857），建陽、順昌等地相繼爆發農民起事，農民軍稱紅巾軍。閩北的紅巾軍到江西聯系太平天國楊輔清，石鎮吉部。太平天國以數十萬軍進福建，攻占光澤，又據建陽城。考亭書院毀于兵火。經朱人驥等考亭裔孫的申請，同治九年（1870）考亭書院重建，民國時期的《建陽縣志》記載了此次修建后的規制：書院中為集成殿，殿前兩廡為竹林、滄洲兩精舍。前為二門，左為報德祠，右為道源堂。再前，左右各碑亭一。大門外為“恩榮”考亭書院石牌坊和“泰山喬岳”“景星慶云”二牌坊。大殿后為啟賢祠。

民國7年(1918)，朱子考亭裔孫朱劍南發起捐資重修考亭書院，他的朋友倪壽朋為作《重修考亭書院記》。考亭書院內，原有訓蒙塾館作為教學的機構。民國八年（1919），朱閩、陳冠三、朱學謙、朱道南發起，在考亭書院創辦建陽縣第六國民學校。民國29年（1940）秋，在考亭書院內創辦建陽縣立初級中學，建陽縣縣長胡福相兼任校長，招收一年級新生107人，分為兩個教學班。當年九月十五日，在考亭書院舉行朱子誕辰810周年官祭，福建省政府主席陳儀任主祭官。民國35年（1946），因考亭書院離城五里多，交通不便，遷縣初級中學于建陽城區北門小學內。

1949年，新中國成立，隨即的土地改革運動，將“考亭書院”充公成為了集體財產。1958年大躍進時期，考亭書院成了考亭大隊的公共食堂，后來又成了大隊的養豬場、牛欄。1965年，“四清”工作隊進駐考亭，書院被拆毀，僅存“恩榮”石牌坊，1966年西門電站建成蓄水，牌坊下半部被庫水淹沒。1984年，由省政府撥款，將“恩榮”石牌坊移至考亭書院后面的玉枕山。